rymondmcmullen博士（即游戏中用枪自杀的眼镜男）创立了gentec，并成为了黑色守望的下属研究机构，他认为黑色守望短视，认不清dx－1118病毒的价值，于是重启黑光计划，并将elizbethgreene转至gentec的研究中心，从她身上研究病毒的新进化品种。并在后来招募了“主角”lexmercer，以及后来成为lex女友的krenprker（即游戏中的金发ol）。之后，黑色守望发现gentec重启了禁忌的实验，意图弹压，此时的lexmercer为了一己私欲，在krenprker的协助下窃取了一小瓶病毒样本并逃离，却在车站遭遇了前来拦截的黑色守望便衣特工。走投无路的lexmercer摔碎了瓶子释放了病毒，自己也被当场射杀。由于是在车站，当时就有许多市民被感染，曼哈顿的大规模疫情暴发也就此埋下了伏笔。
熟练地打完最后boss以后，想起了网上盛传的隐藏boss之说，网上说海外母巢才是黑色守望的基地，并且在疯狂科学家x的带领下背叛了人类，他妄图利用所掌握的外星科技统治人类。他掌控技术分成两部分：生化技术和超高科技。前者制造了感染哥的超级病毒，但病毒的不可控性超岀了x博士的预料。后者制造了超级士兵等可控性武器。另外海外母巢本身就是外星人所遗留的太空船，也就是隐藏boss。
我们的教官大人在最后关头把x博士的计划告知了断臂将军，所以米国大兵和黑色守望决裂，所以在航母上只有哥和大兵们的身影，黑色宁望放岀航母boss以破坏里根号阻止对海外母巢的核打击，虽然哥最后击败了boss，但由于里根号受损严重也未能发射核弹。而条件就是困难+模式下200蓝球50紫球、全白金支线任务、吸收一个军事基地外的指挥官，别进基地保留血槽下的钥匙标志、爬上最高楼乘直升机前往海外母巢、母巢上一片凌乱到处杂物，找岀7张颜色名异的纸张，上面都印有一个阿拉伯数字，在母巢边上找个电话亭，拿起话筒按光谱颜色由红到紫依次输入纸张上的数字。
成功以后地面裂开太空船升空，一直飞到中央公园上空。战斗开始！于是杨阳抱着试试看的心情开始了收集之旅。
“靠，网上都是坑爹的货！老子怎么就这么容易上当啊！”
奋斗良久，杨阳在试过网上所有出现最终boss的条件之后无果，终于爆发了。
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